Na área de Inovação, o Centro de Estudos da Metrópole tem como principal objetivo a transferência de conhecimento e de metodologias para agências e órgãos de planejamento e implementação de políticas públicas.

As diferentes linhas de pesquisa usam dados quantitativos e qualitativos, de acordo com os objetivos analíticos de cada projeto. Além do uso de dados secundários, os projetos de pesquisa produzem novas bases de dados sobre a Região Metropolitana de São Paulo por meio da realização de surveys, entrevistas, pesquisas etnográficas e levantamento de fontes documentais.

No entanto, a espacialização da informação, por meio de um Sistema de Informações Geográficas (SIG), constitui uma dimensão metodológica que unifica as pesquisas e, ao mesmo tempo, articula os projetos às atividades de transferência e difusão. Sendo assim, as atividades de transferência têm como eixo básico a constituição de um SIG sobre a RMSP, compreendendo as seguintes dimensões: trabalho e emprego, família, saúde, educação, infra-estrutura urbana, cultura, religião, associativismo, voto, meio ambiente e organização físico-espacial e funcional das atividades urbanas.